Para instalar directamente Windows desde el CD-ROM, deberás realizar los siguientes pasos, pero siempre teniendo en cuenta que este truco no vale para sistemas NTFS, así que si tienes tu Windows en una partición NTFS no podrás utilizarlo pero por el contrario este truco sirve para Windows 95 y Windows 98, también sirve para Windows 2000 y Windows XP siempre y cuando no estén en NTFS.

Si no tienes un disco de arranque deberás crearlo siguiendo estos pasos: Inicio/Panel de Control/Agregar Quitar programas/Disco de Inicio.

Una vez preparado el disco de inicio y el CD-ROM de Windows, reinicias en modo MS-DOS y formateas el disco duro con el comando
FORMAT C: /Q
Esto es para borrar por completo el disco duro rápidamente (Quick Mode) dejándolo preparado para la instalación de Windows desde cero.

Ahora solo tienes que introducir el CD-ROM de Windows en la unidad lectora y reiniciar el ordenador.
Si tu equipo dispone de compatibilidad para utilizar el CD-ROM como unidad de arranque, es posible que directamente se comience a instalar el sistema operativo entrando en la utilidad de instalación.
Si esto no ocurre, utiliza el disquete de inicio para arrancar el ordenador, cuando te pregunte, selecciona la opción de Arrancar con compatibilidad de CD-ROM.
Cuando aparezca la línea de comandos, busca la unidad de CD-ROM (no tendrá la misma letra de unidad que siempre ya que el disco de inicio de Windows crea una unidad virtual de herramientas) e inicia el programa de instalación.
Cuando se termine de instalar el sistema operativo el proceso habrá concluido.