El sistema de archivos Fat32 que venías utilizando con las anteriores versiones de Windows (95, 98..) no es el apropiado para el nuevo Windows XP, ya que limita las posibilidades de este sistema operativo. Por ello es preferible usar NTFS.

Este sistema se puede elegir en el momento de la instalación del propio Windows Xp, pero si ya lo has instalado o lo has actualizado desde Windows 98 o Me y no te has acordado de cambiar de Fat32 a NTFS ahora lo podrás hacer sin necesidad de reinstalar el sistema operativo, ya que Microsoft proporciona una utilidad pensada para realizar esta conversión.
Ten en cuenta que convertir una unidad formateada en FAT32 a NTFS es un proceso irreversible.
Por ello es recomendable previamente hacer una copia de seguridad de tus archivos más importantes por si la conversión no funcionase correctamente.

Cuando estés preparado debes pulsar el botón Inicio y luego Ejecutar, a continuación escribes cmd y pulsas el botón Aceptar. Entonces se abrirá una ventana MS-DOS, en la que tienes que teclear CD.. y pulsar Intro las veces que sea necesario hasta quedarte en C:> luego escribes esto: convert c: /fs:ntfs (siendo c: la letra de la unidad que quieras convertir).
Un mensaje te indicará que no puede realizar la conversión porque el disco está en uso.
Pulsa la tecla N y te preguntará si deseas que realice la conversión cuando vuelvas a iniciar el sistema. Ahora pulsa S y al reiniciar el PC la conversión del sistema de archivos se llevará a cabo.